第七季简介

Mulder远途调查出了意外，在精神病院醒来有了预见的能力，还能读取他人的心理活动。Scully在非洲海岸发现那里发现了刻有人类基因图的远古遗物及关于第六次物种大灭绝的记载。
Cancerman一直在进行外星混血儿的试验，注入病毒已检验是否成功，这个实验关系到世界末日时人类的生存问题，Mulder的变异使他成为唯一的成功案例------------但他“超能力”基因的表达只是暂时的。Mulder最后在调查当地一起飞船坠毁事件时被赏金猎手乘飞碟抓走。Scully最后发现怀孕了。

第八季简介

摩德失踪后，斯卡琳请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找摩德。鉴于无法找到摩德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的斯卡琳在与摩德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与一个新的“怀疑论”者——约翰·道格特的合作之旅。本季超级战士（一种新混血外星人）作为新殖民武器开始出现。摩德最终回来了，还找到了杀死超级战士的方法，但由于他知道的太多而不得不逃亡。

第九季简介

外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》（The Truth）里，摩德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是摩德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道格特、斯卡琳、斯金纳、雷耶斯、斯班德、加布森等人用尽办法证明摩德的清白，但审判是不公正的，摩德将被执行死刑。道格特和斯金纳等人来到了监狱营救穆德，与此同时超级战士也来了，但是摩德他们早一步逃出了监狱。接着摩德和斯卡琳两人一起开车去找寻真相，证明外星人的阴谋。他们找到了给摩德提供线报的人，摩德告诉斯卡琳原来由于势力衰微无法组织有效进攻而企图暗中控制政府以逐步殖民的外星人由于计划屡屡受搓，将于2012年12月22日利用混入政府的超级战士进行孤注一掷的殖民入侵。

　　制作人卡特对于大结局的说法是，在整部剧集结束之前，他会为剧中人物安排一个令观众能够接受的大结局，至于地球最终是否会被外星人所占领，外星人的阴谋会否得逞，卡特则表示："这是一个非常敏感的话题，我们仍将采取《X档案》固有的演绎方式向观众做个交待。"

　　《X档案》结束了，虽然未必是大家所希望的结局，但至少保住了这个黄金剧组的颜面，不至于太过落寞，也算画下了一个完美的句号，而我们也告别《X档案》了。

在2008年夏天，《x档案》又出一部电影-----------《X档案：我想要相信》（THE X-FILES:I WANT TO BELIEVE ）